宝石是极为重要的资源，主要用于制作高级魔法物品和科技装备。地下坑洞中的宝石种类包括红宝石、蓝宝石、紫宝石、绿宝石、橙宝石和黄宝石，每种宝石的获取途径和用途各不相同。探索地下区域时，需注意光源、食物和理智值的维持，同时合理规划路线以应对复杂的地形和怪物威胁。
红宝石和蓝宝石是较为常见的宝石类型，可通过挖掘地下的石灰岩矿脉或击败特定怪物获取。岩石龙虾和深渊蠕虫被击败后有概率掉落宝石，而发条主教则必定掉落紫宝石。远古遗迹区域的雕像被破坏后也会掉落宝石，尤其是镶嵌宝石的雕像，敲碎后可获得对应颜色的宝石。地震事件发生后，地面可能散落红宝石和蓝宝石，但需注意地震伴随的落石危险。
绿宝石、黄宝石和橙宝石的获取难度较高，通常需深入地下二层或探索迷宫区域。华丽宝箱是这些稀有宝石的主要来源之一，开启后有概率获得。某些特殊生物群落，如发光浆果灌木丛或蓝色萤光菌群落附近的地面，偶尔也能发现散落的宝石。若需大量宝石，可优先寻找远古科技站或伪科学基地，用锤子敲击这些结构有小概率掉落各类宝石。
紫宝石的合成是另一种稳定获取途径，将红宝石和蓝宝石放入灵子分解器即可制作。若已解锁魔法科技，此方法能有效补充紫宝石储备。冬季刷冰猎犬或夏季刷火猎犬可分别获得蓝宝石和红宝石，再通过合成转换为紫宝石。海象巢穴周边的冰猎犬、沙漠猎犬巢穴的变异猎犬均可作为刷取目标，但需提前准备战斗装备以应对高频率的怪物袭击。
