监牢是应天府一个颇具特色的功能建筑。它的主要作用是关押和审讯在城市中出现的各类歹人，包括小偷、强盗、飞贼和倭寇。当玩家在城内闲逛或管理城市时，可能会发现这些四处游荡的不法分子。发现后，只需点击歹人，屏幕上便会出现一个监狱的图标，选择将其羁押即可。成功抓捕后，玩家需要通过点击右下角的更多选项，然后进入专门的监牢界面来管理这些囚犯。完成对歹人的处理，是维护城市治安、获取额外资源的重要一环。
将歹人成功羁押至监牢后，玩家需要手动安排狱卒进行审问。具体操作是进入监牢界面，将可用的狱卒拖动到关押歹人的牢房旁。狱卒便会开始对犯人进行审讯，这个过程需要等待一段时间。审讯结束后，被审问的盗贼会自动转化成为一个奖励包裹。玩家点击收下，即可获得此次审问的成果。这些奖励通常包括游戏中重要的货币资源，如补天石和金币等，为城市的发展提供额外的助力。
对于监牢的管理，游戏也给出了一些实用的建议。游戏内的牢房数量是有限的，通常只有四个位置。这意味着当玩家抓到的第五个歹人出现时，由于没有空牢房，将不得不选择将其释放。合理安排审讯节奏，及时处理已关押的犯人显得尤为重要。在狱卒的配置上，一般建议配备两名狱卒即可满足日常的审讯需求，当然如果资源充裕，玩家也可以购买更多的狱卒来提高处理效率。
