家人和其他居民一样会面临健康问题，包括受伤、辐射感染和疾病。医疗室是治疗家人的核心设施，需要合理建造和分配人员。医疗室生产的治疗针可以恢复居民的生命值，科学实验室生产的消辐宁则用于消除辐射影响。当家人生命值低下或出现辐射症状时，应及时使用这些药品进行治疗，否则可能导致病情恶化甚至死亡。
家人生病时，系统会通过震动或提示通知玩家。点击患病家人可查看详细状态，包括生命值和辐射值。生命值显示为红色条状，辐射值则以黄色条状叠加在生命值上方。若家人同时受伤和感染辐射，需先后使用治疗针和消辐宁。药品使用后需要一定时间生效，期间家人仍可正常工作，但效率会降低。医疗室和科学实验室的等级越高，药品生产速度越快，存储上限也越高。
避难所中可能爆发传染病，若家人与其他患者接触会导致病情扩散。发现传染病迹象时，应将患病家人暂时隔离在独立房间，并优先治疗。隔离期间仍需保证其基本生存需求，避免因资源短缺导致病情加重。合理布局医疗设施很重要，建议将医疗室和科学实验室设置在避难所中层位置，便于各区域家人快速获得治疗。同时确保电力供应稳定，避免因停电导致医疗设施停摆。
提升家人的耐力属性可增强抗病能力。耐力高的家人不易生病，即使感染也能更快康复。训练室可提高家人各项属性，建议优先培养耐力。为家人装备增加耐力的服装也能起到防护作用。探索废土时，应为家人配备足够药品，通常按每小时消耗1治疗针和每3小时消耗1消辐宁的比例准备。返回避难所后，生病的探索者需立即接受治疗。
某些宠物能提高治疗效果或降低感染几率，如辐射变异猫可提升抗辐射能力。将这类宠物分配给体弱的家人能有效减少医疗压力。宠物通过午餐盒、任务或商店获取，每个家人只能携带一只宠物。医疗资源紧张时，可考虑优先治疗携带医疗宠物的家人，利用其加成效果提高整体治疗效率。
保持避难所基本资源充足是预防疾病的基础，缺水和食物会直接导致家人健康恶化。定期检查医疗物资储备，确保药品数量与避难所人口规模匹配。发生火灾、虫害等灾难后要全面检查家人健康状况，这类事件往往伴随健康隐患。通过广播室维持家人高幸福度也能间接促进健康，幸福度高的家人更不容易生病。
