恩基级战舰的武器配置核心在于充分发挥其超级装置的爆发潜力，该装置能对20千米内的指定目标进行连续六次攻击，且最后一次攻击可造成三倍伤害。这一特性决定了配置需围绕提升近距离命中率与瞬时输出展开，以最大化终结打击的效果，避免因攻击溢出或鞭尸而浪费伤害。战舰的战术组件与武器选择需紧密配合，确保能在触发超级装置的理想距离内，稳定且高效地摧毁目标。
需综合考虑恩基级作为战列舰的定位与各武器系统的特性。粒子炮以其高额近战伤害和暴击率著称，与能够提升航速的战术组件有良好的协同潜力，适合执行突击与贴身缠斗。激光武器则拥有开火即命中的优势，功率需求相对较低，便于配置更多辅助装置。磁轨炮提供了极远的射程，适合在安全距离进行持续压制。导弹武器则具备动能与热能混合伤害以及可更换弹药调整射程的灵活性，但其伤害有飞行延迟。配置时应根据预期的作战距离与战术角色，选择最能发挥舰船火力加成的武器系统。
装置的搭配是支撑武器火力输出的关键，需着重解决能量管理与生存问题。恩基级配备的被动式补充屏障发生装置，能在损失能量时额外获得护盾，这在一定程度上提升了持续作战时的防御韧性。针对粒子炮或激光等高能耗武器，必须配置大型能量回充器以保证技能循环。在防御层面，鉴于战列舰体积庞大、机动性相对较低，装置槽中应优先考虑大型护盾回充器或护盾生成装置来维持血线。若追求极限输出，也可在确保基础回复后，选用火力超载计算机或弱点分析计算机来进一步提升伤害或暴击概率。
组件槽的配置逻辑需服务于整体的战术风格，弥补短板或放大优势。若采用激进的高输出配置，可安装多个对应的武器伤害增益组件，例如粒子凝聚单元，并辅以强化暴击效果的组件来频繁触发战术组件的速度加成。若偏向持久战与生存，则应配置提升护盾总量与抗性的组件，如大型护盾继电器和自适应屏障增强器。对于恩基级，还需特别注意其功率与运算力分配，确保在安装高级武器和装置后仍能稳定运行，避免因系统超载而影响核心功能的发挥。
综合实战配置需在火力、防御、机动与续航之间取得平衡，并无固定模板。对于侧重PVP的配置，尤其是小队或会战场景，应在保证足以承受第一轮集火的基础护盾抗性后，极致强化火力与电子对抗能力，装置可携带反跃迁干扰器或毁电设备。而对于PVE场景，则可降低防御配置的等级，将更多资源投入能量回复增效器、护盾通量线圈等续航组件，并装备多个伤害增益组件以实现高效的刷怪效率。最终配置方案取决于指挥官拥有的科技等级、可用装备以及具体的作战目标。
